怀孕36天做B超不一定能看到孕囊。一般情况下，怀孕35天左右，B超可在宫腔内看到孕囊；怀孕42天左右，B超可看到胎芽和胎心搏动。
但孕囊的出现时间因人而异，主要与受孕时间早晚有关。如果受孕时间晚，孕囊出现的时间也会相应推迟。如果平时月经周期不规律，或者排卵延迟，受孕时间也会相应推迟，此时做B超可能看不到孕囊。
此外，宫外孕也会导致孕囊着床位置异常，在宫腔内看不到孕囊。如果怀孕36天做B超看不到孕囊，且伴有腹痛、阴道出血等症状，需要高度警惕宫外孕的可能，应及时就医，进行相关检查，如血HCG、孕酮、B超等，以明确诊断。
如果没有任何不适，也可以在一周后复查B超，以确定孕囊的位置和发育情况。
需要注意的是，B超检查对胎儿没有影响，但也不宜过多。一般整个孕期做B超3-5次即可。