舌头根部疼的常见原因有以下几种：
1.感染：细菌、病毒等感染可导致舌头根部炎症，引起疼痛。
2.创伤：咬伤、烫伤、鱼刺等创伤可导致舌头根部损伤，引起疼痛。
3.过敏：某些食物、药物等过敏反应可导致舌头根部肿胀、疼痛。
4.口腔疾病：口腔溃疡、牙龈炎、牙周炎等口腔疾病可引起舌头根部疼痛。
5.其他：内分泌失调、自身免疫性疾病等也可导致舌头根部疼痛。
针对不同原因引起的舌头根部疼，治疗方法也有所不同。如果疼痛较轻，可通过保持口腔清洁、避免刺激性食物、多喝水等方法缓解；如果疼痛较严重，可在医生的指导下使用药物治疗，如抗生素、消炎药、止痛药等；如果是过敏引起的，可使用抗过敏药物治疗；如果是口腔疾病引起的，需进行相应的口腔治疗。
如果舌头根部疼痛持续时间较长或伴有其他症状，如发热、吞咽困难、呼吸困难等，应及时就医，以便明确病因并进行针对性治疗。