亚甲状腺炎有可能会自愈。
亚甲状腺炎是一种与病毒感染有关的自限性疾病，半数以上患者在起病前1-3周有上呼吸道感染，病毒感染后1-3周发病，典型病例可分为早期伴甲状腺毒症、中期甲状腺功能减退期以及恢复期三期。
亚甲状腺炎的预后良好，通常可自行缓解。轻型患者仅需应用非甾体类抗炎药，如阿司匹林、吲哚美辛等，具有显著的抗炎、镇痛作用，能缓解甲状腺疼痛，一般用药1-2周后可停药。中重型患者需用糖皮质激素，如泼尼松，可减轻甲状腺毒症，缓解疼痛，用药2-4周后逐渐减量，总疗程6-8周左右。
如果亚甲状腺炎患者出现永久性甲状腺功能减退症，则需要长期左甲状腺素钠替代治疗。
特殊人群中，孕妇亚甲状腺炎的发病率较普通人高，且其症状可能更为明显，若不及时治疗，可能会影响胎儿的发育。因此，孕妇一旦确诊亚甲状腺炎，应及时就医，在医生的指导下进行治疗。老年人亚甲状腺炎起病隐匿，症状不典型，容易漏诊或误诊，当出现颈部疼痛、低热等症状时，应及时就医，以免延误病情。