脸上扁平疣可通过多种方法去除，一般可以采用药物治疗、物理治疗等方式。通常药物治疗中常用的有维A酸类药物等，物理治疗包括冷冻治疗等。
药物治疗方式
外用药物： 维A酸类药物可用于治疗扁平疣，它能调节细胞分化等，但使用时要注意可能会有局部刺激等反应。还有水杨酸也有一定作用，能促使疣体脱落。免疫调节剂： 比如干扰素，它可以调节机体免疫功能来对抗病毒，但使用过程中可能会出现一些如发热等不良反应。
物理治疗方法
冷冻治疗： 是利用低温使疣体坏死脱落。一般冷冻后局部会出现水疱等反应，要注意保持局部清洁，避免感染，通常经过1 - 2次冷冻可能会使疣体去除，但部分人可能需要多次治疗。激光治疗： 利用激光的能量破坏疣体组织。激光治疗相对来说速度较快，但术后要注意创面护理，防止感染，且可能会有一定的色素沉着风险，不过一般在一段时间后可逐渐恢复。
日常注意事项
避免搔抓： 扁平疣具有传染性，搔抓可能会导致自身接种，使疣体增多。所以要尽量避免用手去抓挠脸部的扁平疣部位。注意个人卫生： 保持脸部清洁，但是要注意洗脸时动作轻柔，不要过度摩擦脸部，防止损伤皮肤而导致病毒扩散。增强免疫力： 日常生活中要注意合理作息，保证充足睡眠，一般每天睡眠建议7 - 8小时左右，同时要均衡饮食，多摄入富含维生素等营养物质的食物，如新鲜蔬菜和水果等，以帮助提高身体免疫力，有助于扁平疣的恢复。