抗生素药若使用不当会带来诸多危害。比如长期或不规范使用抗生素，可能有超1/3的患者会出现肠道菌群失调，原本肠道内有益的菌群被抑制，有害菌可能趁机繁殖。
破坏肠道菌群平衡
正常菌群受影响： 人体肠道内有大量正常菌群，它们对维持肠道正常功能很重要。抗生素在杀灭致病菌的同时，也会无差别地杀灭肠道内的有益菌，像双歧杆菌等有益菌群数量会大幅减少。这样就会引发腹泻等问题，有些患者可能会连续几天每天腹泻3 - 5次甚至更多。继发其他感染风险： 肠道菌群平衡被破坏后，一些原本被抑制的细菌就可能大量繁殖，导致伪膜性肠炎等继发感染，患者会出现腹痛、发热等症状，严重时还得住院治疗。
产生耐药性
细菌耐药性逐渐增强： 细菌会在抗生素的选择压力下发生变异，不断适应并产生耐药性。比如常见的大肠杆菌，若经常接触抗生素，就会慢慢变得对多种常用抗生素耐药。据统计，全球每年因为细菌耐药性问题导致约70万人死亡，而且这个数字还在逐年上升。一旦细菌产生耐药性，当真正需要强效抗生素治疗严重感染时，可能就没有有效的药物可用了。新药研发面临困境： 耐药菌的出现使得研发新的抗生素变得更加困难。因为新的耐药机制不断出现，需要投入大量的时间和金钱去研究对抗这些耐药菌的新药物，但进展往往比较缓慢。
损害肝肾功能
对肝脏的影响： 不少抗生素需要经过肝脏代谢，长期或大量使用可能会加重肝脏负担。例如红霉素等大环内酯类抗生素，长期使用可能导致转氨酶升高，有研究发现约10% - 15%的患者在使用某些大环内酯类抗生素后会出现肝功能异常，表现为转氨酶比正常水平高出2 - 3倍甚至更高。对肾脏的损害： 部分抗生素通过肾脏排泄，可能会对肾脏造成损伤。像氨基糖苷类抗生素中的庆大霉素，就可能引起肾小管损伤，导致尿量减少，严重时可能发展为急性肾功能衰竭，有数据显示使用庆大霉素治疗的患者中约有5% - 8%会出现不同程度的肾功能损害。