半夜肚子痛醒但现在又不痛了，可能的原因有：
1.饮食问题：如果在睡前吃了过多辛辣、油腻、刺激性食物，或者是暴饮暴食、过度饮酒等，都可能导致胃肠道不适，引起肚子痛。但当食物消化后，疼痛可能会缓解。
2.腹部受凉：睡眠时腹部受凉，可能会导致胃肠道痉挛，引起肚子痛。但当身体回暖后，疼痛也可能会消失。
3.肠道寄生虫：如果肠道内有寄生虫，如蛔虫、蛲虫等，它们在夜间可能会活动，刺激肠道，引起肚子痛。但这种疼痛通常是间歇性的，时有时无。
4.其他：腹部肌肉拉伤、胃溃疡、肠梗阻等也可能导致肚子痛，但这些情况通常会持续存在，而不仅仅是半夜痛醒一次。
需要注意的是，如果这种情况经常发生，或者伴随其他症状，如发热、呕吐、腹泻、便秘等，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以确定病因，并采取相应的治疗措施。同时，在日常生活中，要注意保持良好的饮食习惯和生活习惯，避免过度劳累和精神紧张，保持腹部温暖，注意个人卫生等。