16岁月经两个月没来，可能是以下原因导致：
1.正常现象：青春期女孩的下丘脑-垂体-卵巢轴激素间的反馈调节尚未成熟，容易导致月经失调。此外，长期的学习紧张、环境改变、情绪波动等因素也可能影响月经来潮。这种情况通常不需要特殊治疗，随着身体逐渐发育成熟，月经会自然规律。
2.怀孕：如果有性生活，月经推迟首先要考虑是否怀孕。可以自行购买验孕棒或早孕试纸进行检测，或者到医院进行血HCG检查，以明确是否怀孕。
3.多囊卵巢综合征：这是一种常见的妇科内分泌疾病，以雄激素过高、持续无排卵、卵巢多囊改变为特征，常伴有胰岛素抵抗和肥胖。患者可能会出现月经稀发、闭经、不孕、多毛、痤疮等症状。如果怀疑有多囊卵巢综合征，需要到医院进行性激素六项、B超等检查，以明确诊断。治疗方法包括调整生活方式、药物治疗（如避孕药、二甲双胍等）和手术治疗等。
4.其他原因：甲状腺功能减退、高泌乳素血症、肾上腺皮质功能亢进等疾病也可能导致月经失调。此外，某些药物（如长效避孕药、抗抑郁药等）也可能影响月经。
如果月经推迟两个月，建议及时就医，进行相关检查，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意保持良好的生活习惯，避免熬夜、过度劳累、压力过大等，保持心情舒畅，适当运动，有助于维持月经的正常来潮。