引起头痛的全身性疾病主要包括高血压、低血压、副鼻窦炎、中耳炎和牙龈炎患者均可以出现，如果患者有颈椎病时也可引起。
高血压患者可能会引起血管扩张，可以出现头痛;低血压时可能会引起脑部低灌注，容易引起脑供血不足，可能会引起脑部缺氧，可以出现头痛。
如果有副鼻窦炎时，包括额窦炎、上颌窦炎和下颌窦炎，额窦炎的患者表现为上午头痛，上颌窦炎和下颌窦炎的患者，主要表现为下午时头痛。
如果有中耳炎和牙龈炎患者也可以出现头痛，一般为持续性，同时也可能会出现发热等等。如果患者有颈椎病时，也可以出现头痛，主要是由于颈部肌肉收缩、痉挛牵扯头皮神经血管而导致，表现为后脑勺部位的疼痛。