癫痫的病因复杂多样，包括遗传因素，脑部疾病，全身或系统性疾病等。
虽然遗传因素也是癫痫的发病原因之一，但并不是说有了癫痫一定会百分之百遗传给孩子。遗传性因素是导致癫痫尤其是特发性癫痫的重要原因，分子遗传学研究发现一部分遗传癫痫的分子机制为离子通道或相关分子的结构或功能改变导致。
脑部疾病导致的癫痫大多是由于先天性脑发育异常或者颅脑肿瘤。原发性或者转移性肿瘤的几率更高，颅内感染，颅脑外伤，脑血管病，变性疾病都有可能引起癫痫的发生。
全身和系统性疾病则包括缺氧，窒息，代谢性疾病，内分泌疾病心血管疾病，中毒性疾病等都会导致癫痫的发生。