卵巢囊肿有可能会引起小腹疼痛，不过并不是所有卵巢囊肿都会导致小腹疼。一般来说，当卵巢囊肿比较大时，约有10%左右的情况会出现小腹疼痛症状。
生理性卵巢囊肿与小腹疼痛
滤泡囊肿： 这是最常见的生理性囊肿，是卵泡没有正常破裂排卵形成的。多数情况下不会引起小腹疼痛，但如果囊肿较大发生扭转，就可能突然出现一侧下腹剧痛，这种情况多发生在改变体位时，比如突然转身、弯腰等。黄体囊肿： 一般在月经后半期形成，大多也不会导致小腹疼痛，不过少数黄体囊肿破裂时，会引起一侧下腹突然疼痛，还可能伴有少量阴道出血，破裂严重时可能会导致腹腔内出血。
病理性卵巢囊肿与小腹疼痛
子宫内膜异位囊肿： 它是异位的子宫内膜在卵巢内生长形成的囊肿。患者往往会有痛经进行性加重的情况，同时还可能出现小腹疼痛，这种疼痛多在月经期间或月经前后比较明显，而且疼痛程度可能会逐渐加重。浆液性囊腺瘤或黏液性囊腺瘤： 这类囊肿一般生长缓慢，初期通常没有明显小腹疼痛症状，但当囊肿体积增大到一定程度，压迫周围组织或者发生蒂扭转时，就会出现小腹疼痛，疼痛比较剧烈，还可能伴有恶心、呕吐等症状。巧克力囊肿（属于子宫内膜异位囊肿的一种特殊类型）： 除了有痛经外，平时也可能会有小腹隐痛，在经期前后疼痛会加重，而且随着病情进展，疼痛可能会逐渐频繁和加重。
其他因素导致的小腹疼痛易与卵巢囊肿混淆情况
肠道疾病： 比如肠炎，也可能会引起小腹疼痛，但肠炎往往还伴有腹泻、腹胀、大便性状改变等症状，通过大便常规等检查可以鉴别。泌尿系统疾病： 像输尿管结石，也会导致小腹疼痛，通常还会伴有腰痛、血尿等症状，通过泌尿系统超声、尿常规等检查可区分。