运动神经元病目前尚无根治方法，治疗主要是对症支持和延缓病情进展。一般来说，药物方面常用利鲁唑，它可通过抑制谷氨酸释放，推迟呼吸功能丧失时间，延长患者存活期，但效果因个体差异有所不同。
药物治疗方面
利鲁唑： 是目前被多个临床指南推荐的药物，能抑制突触前膜谷氨酸释放，从而减轻兴奋性氨基酸的毒性作用，延缓病情进展，不过起效相对较慢，可能需要连续服用一段时间才能看到一定效果。依达拉奉： 属于自由基清除剂，可通过清除自由基，抑制脂质过氧化，从而减轻神经细胞、神经胶质细胞、血管内皮细胞的氧化损伤，改善运动神经元病患者的功能状态，一般通过静脉滴注给药。
康复治疗方面
运动康复： 根据患者的具体病情制定个性化的运动康复方案，比如对于肢体力量较弱的患者，可以进行一些低强度的关节活动度训练、平衡训练等，每周可进行3 - 5次康复训练，每次20 - 30分钟左右，有助于维持肌肉力量和关节活动范围，防止肌肉进一步萎缩。呼吸康复： 由于后期可能会累及呼吸肌，所以要关注呼吸功能。可以进行呼吸训练，如腹式呼吸等，每天练习几次，每次几分钟，帮助维持呼吸肌功能，提高肺活量。
营养支持方面
饮食调整： 保证患者摄入足够的营养，对于吞咽困难的患者，可能需要调整饮食质地，比如改为软食、半流食甚至鼻饲饮食等。一般来说，每天要保证摄入足够的蛋白质、碳水化合物等营养物质，蛋白质摄入量可根据体重情况适当调整，大约1 - 1.5克/千克体重/天。如果是鼻饲，要注意营养制剂的合理搭配。营养补充剂： 在医生评估下，可能会补充一些维生素等营养物质，如维生素E等，有研究提示其可能对神经有一定保护作用，但需在专业指导下使用。