治疗卵巢巧克力囊肿的方法主要包括以下几种：
1.药物治疗：
假孕疗法：通过使用孕激素，使异位的子宫内膜蜕膜化和萎缩，从而达到治疗目的。
假绝经疗法：使用促性腺激素释放激素激动剂，使卵巢功能暂时性的抑制，出现类似绝经的现象，适用于有生育要求的患者。
2.手术治疗：
保守性手术：保留卵巢功能，只切除卵巢内的异位病灶，适用于年轻、有生育要求的患者。
半根治性手术：切除子宫及异位病灶，适用于年龄较大、无生育要求的患者。
3.介入治疗：
在超声或CT的引导下，将药物直接注入卵巢囊肿内，使囊肿萎缩、消失。
需要注意的是，治疗方法的选择应根据患者的年龄、症状、囊肿大小、生育要求等因素综合考虑。此外，患者在治疗期间应注意休息，保持良好的生活习惯，定期复查。