治疗幽门螺旋杆菌的药物主要有质子泵抑制剂、铋剂、两种抗生素。质子泵抑制剂可抑制胃酸分泌，提高胃内pH值，从而增强抗生素的杀菌效果。常用的药物有奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑等。铋剂可在胃黏膜表面形成保护层，促进黏膜修复，与抗生素联合使用可增强疗效。常用的药物有枸橼酸铋钾、果胶铋等。两种抗生素可杀死幽门螺旋杆菌，常用的药物有阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑、左氧氟沙星等。
患者在治疗期间需要注意饮食清淡，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，避免吸烟饮酒。可适当食用一些富含维生素C的食物，如柑橘、草莓、猕猴桃等，有助于促进铁的吸收。同时，应避免同时服用补铁药物和抑酸药物，以免影响药物的疗效。