肾结石手术存在一定危害，比如出血风险，手术过程中可能损伤周围血管导致出血，严重时可能需要输血甚至再次手术处理，有研究显示大约5% - 10%的肾结石手术患者会出现中度以上的出血情况。
感染风险
术后感染： 肾结石手术属于有创操作，术后可能发生泌尿系统感染，表现为发热、尿频、尿急、尿痛等症状。据统计，约3% - 8%的肾结石手术患者会发生术后感染。术前感染隐患： 如果患者术前就存在泌尿系统感染，手术会增加感染扩散的风险，可能导致更严重的全身性感染，如败血症等。
肾功能损伤风险
短期肾功能影响： 手术过程中，肾脏的血流可能会暂时受到影响，导致术后短时间内肾功能轻度下降，一般经过积极治疗和恢复，多数可在数周内恢复，但也有少数患者可能出现较明显的肾功能损伤。长期肾功能影响： 极少数患者可能因为手术创伤等因素，长期肾功能逐渐减退，但这种情况发生概率较低，大约在1%以下。
结石复发风险
解剖结构改变影响： 手术会对肾脏的解剖结构造成一定改变，可能影响尿液的正常流动，使得结石复发的几率增加。有数据表明，肾结石患者术后1年内结石复发率约为10% - 15%，5年内复发率可达到30%左右。代谢因素相关复发： 如果患者本身存在代谢异常，比如尿酸代谢异常、钙代谢异常等，即使做了手术，结石仍有可能复发，需要长期进行代谢方面的监测和干预。