大拇指甲凹陷可能是营养不良、扁平苔藓、银屑病、灰指甲、甲癣等原因所致，可以通过补充营养、药物治疗、手术治疗、抗真菌治疗等方式进行治疗，建议及时就医。具体分析如下：
1.营养不良：长期饮食不规律、挑食、节食等可能导致营养不良，引起大拇指甲凹陷。可以通过调整饮食结构，多吃富含蛋白质、维生素、矿物质等营养物质的食物，如鸡蛋、牛奶、鱼肉、蔬菜、水果等，来改善指甲凹陷的情况。
2.扁平苔藓：扁平苔藓是一种皮肤黏膜慢性炎症性疾病，可累及皮肤、指甲等部位，导致指甲出现凹陷、增厚、变色等症状。可以使用糖皮质激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，同时注意皮肤和指甲的护理。
3.银屑病：银屑病是一种常见的慢性炎症性皮肤病，可累及指甲，导致指甲出现凹陷、增厚、变色、分离等症状。可以使用外用药物（如糖皮质激素、维生素D3衍生物等）、口服药物（如免疫抑制剂、生物制剂等）进行治疗，严重时可能需要进行光疗或手术治疗。
4.灰指甲：灰指甲是由真菌感染引起的甲病，可导致指甲变形、增厚、凹陷、变色等。可以使用抗真菌药物（如特比萘芬、伊曲康唑等）进行治疗，严重时可能需要拔甲。
5.甲癣：甲癣是由皮肤癣菌感染引起的甲病，与灰指甲类似，也可导致指甲变形、增厚、凹陷、变色等。可以使用抗真菌药物（如特比萘芬、伊曲康唑等）进行治疗，严重时可能需要拔甲。
患者在治疗期间需要注意个人卫生，保持皮肤和指甲的清洁，避免与他人共用生活用品，同时注意饮食清淡，避免食用辛辣、刺激性食物。可适当食用富含蛋白质、维生素、矿物质等营养物质的食物，如鸡蛋、牛奶、鱼肉、蔬菜、水果等，有助于指甲的恢复。避免食用油腻、高糖、高盐等食物，如油炸食品、蛋糕、咸菜等，以免影响治疗效果。