卵巢囊肿是一种常见的妇科疾病，其发病原因尚不完全清楚，可能与以下因素有关。
遗传因素：部分卵巢囊肿患者存在家族遗传倾向。
内分泌因素：卵巢是排卵、分泌性腺激素的重要器官，卵巢囊肿多发生于内分泌旺盛的生育年龄。临床上很多卵巢囊肿患者和多囊卵巢综合征、卵巢功能性肿瘤等内分泌失调性疾病有关。
生活方式：长期的饮食结构、生活习惯不好、心理压力过大，可以出现生理性卵巢囊肿和卵巢真性肿物。
环境因素：食物的污染，如蔬菜等使用的植物生长激素，如家畜家禽等配方饲养中瘦肉精类的激素成分。近年来我国随着生活水平的提高及饮食习惯的变化，及一部分中青年女性滥用诸如丰乳、减肥、减缓衰老等的激素类药物及滋补品，使卵巢肿瘤呈高发性、年轻化趋势也有可能有关。
炎症因素：长期慢性炎症刺激也可能导致卵巢囊肿，如输卵管炎症常波及卵巢，形成炎性积液、积脓，进而导致卵巢囊肿。
需要注意的是，一些特殊人群，如青春期前少女、绝经后女性及生育年龄口服避孕药的女性，发生卵巢囊肿时需要更加警惕。青春期前少女卵巢囊肿多为天性两性畸形所致，与体内激素水平无关。绝经后女性卵巢囊肿，恶性的比例较大，应及早就医，明确诊断。口服避孕药的女性，若卵巢囊肿直径大于5厘米，应警惕卵巢肿瘤的可能，需及时就医。
总之，卵巢囊肿的病因较为复杂，一些可能的因素包括遗传、内分泌、生活方式、环境和炎症等。对于卵巢囊肿患者，尤其是特殊人群，应及早就医，以便明确诊断并采取适当的治疗措施。