局部危害
咽喉不适症状持续困扰：咽炎会使患者咽喉部经常出现异物感、痒感、灼热感、干燥感或微痛感等，影响正常的吞咽、说话等功能，例如在进食时可能因咽喉不适导致吞咽困难，讲话过多时咽喉不适加重，严重干扰日常生活和工作。长期处于这种不适状态会降低患者的生活质量，使人产生烦躁、焦虑等不良情绪。
引发邻近器官病变
-耳部：咽鼓管咽口位于鼻咽部，与中耳相通，咽炎可蔓延至耳部，引起中耳炎，出现耳鸣、听力下降等症状。儿童由于咽鼓管较成人短、平、宽，更容易受到波及，影响听力发育，进而可能对学习产生不利影响。
-鼻部：咽部与鼻部相连，咽炎可累及鼻部，引发鼻炎、鼻窦炎等。患者会出现鼻塞、流涕、嗅觉减退等症状，影响呼吸和鼻腔的正常功能，长期鼻塞还可能导致睡眠时打鼾、呼吸不畅，影响睡眠质量，进而影响身体的正常代谢和各项机能。
-喉部：咽炎向上蔓延可波及喉部，导致喉炎，出现声音嘶哑、咳嗽等症状。对于教师、歌手等用嗓较多的人群，喉炎会严重影响其职业活动，长期喉炎还可能发展为慢性喉炎，增加治疗难度。
全身危害
影响免疫系统功能：咽部是人体免疫系统的重要组成部分，咽炎反复发作会削弱局部免疫系统的防御功能，使身体更容易受到病原体的侵袭，导致机体抵抗力下降，容易患上感冒、支气管炎等其他全身性疾病，形成恶性循环。对于儿童来说，免疫系统尚未完全发育成熟，咽炎对其免疫系统的影响可能更为显著，影响身体的正常生长发育。
引发全身炎症反应：咽部的炎症可能会引起全身的炎症反应，导致血沉加快、C-反应蛋白升高等。长期的慢性炎症刺激还可能与一些全身性疾病的发生相关，如风湿性关节炎、肾小球肾炎等。虽然这种关联的具体机制尚未完全明确，但临床上已发现部分咽炎患者在患有这些全身性疾病时，咽炎的症状也会相应加重，相互影响。
对心血管系统的潜在影响：有研究表明，慢性咽炎可能与心血管疾病存在一定关联。咽部的炎症刺激可能会通过神经反射等途径影响心血管系统，导致血压波动、心率异常等。对于本身有心血管基础疾病的患者，咽炎可能会诱发心血管事件的发生，如心绞痛发作等，因此这类患者需要更加重视咽炎的治疗和控制。