奶昔减肥可能会带来一些副作用。一般来说，长期依赖奶昔减肥可能导致营养不均衡，比如有研究发现，仅靠奶昔代餐的人群中，约30%会出现维生素缺乏的情况。
营养不均衡方面
蛋白质摄入不足： 奶昔中的蛋白质含量如果不能满足人体需求，长期下去会影响肌肉的维持和修复，还可能导致免疫力下降。正常成年人每天每公斤体重需要1 - 1.2克蛋白质，单纯靠奶昔可能无法达到这个量。维生素缺乏： 很多奶昔虽然标榜营养全面，但实际可能无法涵盖人体所需的所有维生素。像维生素B族中的B12，如果奶昔中含量不足，长期饮用可能会引起神经系统问题，出现手脚麻木等症状。
消化系统问题
胃肠功能紊乱： 突然改变饮食结构，大量饮用奶昔可能会使胃肠蠕动紊乱。比如有些人饮用后会出现便秘情况，因为奶昔中的膳食纤维含量如果不够，就会影响肠道的正常蠕动。一般正常成年人每天需要摄入25 - 30克膳食纤维，奶昔往往难以提供足够量。消化不良： 奶昔中的某些成分可能不太容易被消化吸收。例如一些含有不溶性纤维过多的奶昔，会加重胃肠的消化负担，导致腹胀、腹痛等消化不良症状。
代谢方面影响
基础代谢率降低： 长期依靠奶昔这种低热量的代餐方式，身体会适应这种较低的能量摄入，进而可能使基础代谢率下降。当恢复正常饮食后，身体更容易储存脂肪，反而不利于长期维持体重。有研究表明，连续3个月以上依赖奶昔减肥的人，停止后基础代谢率平均下降约10%。反弹风险高： 一旦停止饮用奶昔，很多人会恢复之前的饮食习惯，由于基础代谢率降低，就很容易出现体重反弹的情况。而且反弹的体重往往比减肥前还高，因为身体在适应低热量后，重新摄入正常饮食时，更容易将多余热量转化为脂肪储存起来。