抑郁症药物面临多种问题。首先是起效时间相对较慢，一般需要数周才能看到明显效果，这让患者在早期可能仍受抑郁症状困扰较长时间。其次是个体差异大，不同患者对同一种药物的反应不同，有的疗效显著，有的可能效果不佳且副作用明显。再者，部分药物存在较为明显的副作用，如胃肠道不适、体重变化等，影响患者的用药依从性。另外，药物的停药反应也是一个问题，突然停药可能引发身体不适等情况。还有药物相互作用复杂，与其他药物同时使用时可能产生不良影响。
起效时间慢
抑郁症药物通常需要数周才能显现出对抑郁症状的改善作用，在此期间患者可能持续承受抑郁情绪等带来的痛苦，不利于及时缓解症状改善状态。
个体差异显著
不同患者由于基因、身体代谢等多种因素不同，对同一种抑郁症药物的反应大相径庭，有的患者用药后症状快速缓解，而有的患者可能疗效差且副反应明显。
副作用影响
不少抑郁症药物会带来副作用，像胃肠道方面可能出现恶心、呕吐等不适，还可能导致体重发生变化，这些副作用会降低患者坚持用药的意愿。
停药反应问题
突然停止服用抑郁症药物时，部分患者可能出现停药反应，如头晕、感觉异常等身体不适状况，给患者健康带来额外影响。
药物相互作用复杂
抑郁症药物与其他药物同时使用时，可能发生相互作用，这种相互作用可能影响药效，甚至产生对身体有害的反应，增加用药风险。
对于特殊人群，如孕妇，使用抑郁症药物需极其谨慎，因为药物可能通过胎盘影响胎儿发育，应在医生充分评估风险与收益后谨慎选择；老年患者由于身体机能衰退，对药物的代谢和耐受能力下降，使用抑郁症药物时更要密切监测副作用和疗效，根据个体情况调整用药；儿童和青少年使用抑郁症药物要格外小心，非药物干预如心理治疗等应优先考虑，因为药物对该人群的长期影响还需更多研究，低龄儿童使用抑郁症药物风险较高。