喉部CT不能完全代替喉镜。喉部CT主要是通过断层成像，能呈现喉部的解剖结构，比如发现喉部是否有占位性病变、骨质是否有破坏等，但它对喉部黏膜表面的细微病变显示不如喉镜直观。一般来说，喉部CT检查时间相对较短，价格大概在300 - 800元左右，但喉镜能直接观察喉部黏膜的形态、色泽、有无新生物等。
二者成像原理不同
喉部CT成像： 是利用X线对喉部进行断层扫描，然后通过计算机重建出喉部的断面图像，它是从解剖结构的层面来展示喉部情况，属于间接观察。喉镜成像： 是直接将喉镜放入喉部，可直接观察喉部黏膜的表面情况，像声带的振动情况、是否有充血、水肿、溃疡等，是直接观察喉部内部状况。
适用情况有差异
喉部CT适用情况： 当怀疑喉部有骨质病变，比如喉部骨肿瘤、喉部骨折等情况时，喉部CT能较好地显示骨质的改变。例如怀疑喉部有恶性肿瘤并侵犯周围骨质时，喉部CT可以帮助判断骨质受侵犯的程度。一般检查时间在10 - 15分钟左右。喉镜适用情况： 当患者有声音嘶哑、喉部异物感等症状，怀疑喉部有炎症、息肉、小结等病变时，喉镜能直接看到病变的位置和形态。比如声带小结，通过喉镜可以清晰看到双侧声带前中1/3交界处的小结样突起。
检查的局限性不同
喉部CT局限性： 对于一些非常小的黏膜病变，可能会出现漏诊情况。而且CT是断层成像，对于喉部结构的立体关系展示不如喉镜直观。喉镜局限性： 喉镜检查属于有创操作，可能会引起患者恶心、呕吐等不适，对于一些配合不好的患者可能难以完成检查。另外，喉镜只能观察到可视范围内的喉部情况，对于喉部较深部位的一些微小病变有时也可能观察不全面。