木耳本身一般没有绝对不能一起吃的食物，但从食物相互作用角度，有些搭配需注意。不过目前并没有科学依据表明木耳与某类特定食物一起吃会产生严重危害导致中毒等情况，但在食用时若不注意搭配可能影响消化等。
与富含单宁的食物搭配需留意
柿子： 柿子中含有较多单宁，木耳和柿子一起吃，可能会在胃内形成不易溶解的物质，影响消化。不过正常适量食用一般问题不大，但一次性大量同食可能增加肠胃负担。山楂： 山楂也含有一定量单宁，木耳与山楂一起吃，同样可能影响消化吸收，尤其是胃肠功能较弱的人，食用后可能出现腹胀等不适。
与抗凝药物作用需注意
华法林： 木耳有一定抗血小板聚集作用，正在服用华法林等抗凝药物的人，如果大量食用木耳，可能会增强抗凝效果，增加出血风险。所以这类人群在食用木耳时要注意适量，最好咨询医生了解具体食用量。
与高纤维食物过量搭配需关注
芹菜等高纤维蔬菜： 木耳本身纤维含量也不低，如果木耳与芹菜等大量高纤维食物一起吃，对于胃肠功能较差的人，可能会导致胃肠蠕动过快，引起腹泻等不适。但正常合理搭配食用，一般不会有问题，只是要注意食用量的平衡。