月经断断续续不干净可能由多种原因引起。一般来说，育龄期女性首先要考虑妊娠相关情况，比如宫外孕时就可能出现阴道不规则流血，类似月经断断续续不干净的表现。非妊娠情况下，内分泌失调是常见原因之一，像多囊卵巢综合征患者，约有50%会出现月经紊乱，表现为月经周期延长、经期长短不一、经量时多时少等，进而导致月经断断续续不干净。
内分泌失调因素
黄体功能不全： 正常黄体期约14天，若黄体功能不全，黄体萎缩过早，就会使子宫内膜不规则脱落，导致月经经期延长，出现断断续续不干净的情况。女性体内孕激素分泌不足，影响子宫内膜修复。甲状腺功能异常： 甲状腺功能亢进或减退都会干扰内分泌系统，从而影响月经。比如甲状腺功能减退时，机体代谢减慢，可能会出现月经周期延长、经量减少或经期延长，表现为月经断断续续不干净。
妇科疾病因素
子宫肌瘤： 尤其是黏膜下子宫肌瘤，会影响子宫收缩，导致子宫内膜面积增大，引起月经经期延长、经量增多，出现月经断断续续不干净。肌壁间较大的子宫肌瘤也可能影响子宫正常收缩，导致月经异常。子宫内膜炎： 细菌等病原体感染子宫内膜，会使子宫内膜充血、水肿，影响子宫内膜的正常修复，导致经期延长，出现月经断断续续不干净。患者可能还伴有下腹部疼痛、白带增多等症状。
其他因素
药物影响： 长期服用避孕药等激素类药物可能会打乱内分泌平衡，引起月经紊乱，出现月经断断续续不干净。比如服用紧急避孕药后，可能会出现撤退性出血，表现为月经异常。不良生活方式： 长期熬夜、过度节食等会影响内分泌，导致月经失调，出现月经断断续续不干净。长期熬夜会干扰下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，过度节食会使机体营养不足，影响激素合成，从而影响月经。