夏枯草在临床应用较广，但也可能存在一些副作用。一般来说，部分人服用夏枯草后可能出现消化系统不适，比如约10%左右的人可能会有胃部不适，表现为轻度的恶心、呕吐、腹胀等。
消化系统方面的副作用表现
胃肠道反应： 有的患者服用夏枯草制剂后会出现食欲减退的情况，大约有5% - 8%的人会感觉吃饭没胃口。还可能出现腹痛，一般为隐痛，程度较轻，但也有个别较明显的案例。恶心呕吐： 少数人服用后会有恶心症状，严重些的就会出现呕吐，不过呕吐程度大多不剧烈，一般吐1 - 2次后能缓解，但也有持续时间稍长的情况。
过敏相关的副作用情况
皮肤过敏表现： 约3% - 5%的人可能出现皮肤过敏反应，比如皮肤瘙痒，可见散在的小红疹，好发于身体暴露部位或容易摩擦的部位。也有少数人会出现红斑，红斑大小不等，形状不规则。呼吸道过敏迹象： 极个别过敏体质者服用后可能出现呼吸道过敏症状，像打喷嚏，严重时可能会出现鼻塞、呼吸稍感不畅，但这种情况发生概率很低，不到1%。
对特殊人群的影响
孕妇： 孕妇属于特殊人群，目前临床研究发现，孕妇服用夏枯草可能会增加流产的风险，所以孕妇应绝对禁止服用夏枯草及其制剂。脾胃虚寒者： 本身脾胃虚寒的人，服用夏枯草后更容易出现消化系统不适加重的情况。比如原本就有大便稀溏的脾胃虚寒者，服用后可能会使大便次数增多，原本的腹痛、恶心等症状也可能加重。