无胎心胎芽的原因有多种。一般来说，胚胎自身因素是常见原因之一，约50% - 60%的早期流产是由于胚胎染色体异常导致的，比如染色体数目异常（如21 - 三体、18 - 三体等）或结构异常，这会影响胚胎正常发育，进而出现无胎心胎芽的情况。
母体因素影响
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎着床和发育至关重要。例如，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，无法为胚胎提供良好的着床和发育环境，约有20% - 30%的胚胎停育与黄体功能不全有关。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退会使机体代谢率降低，影响胚胎的生长发育，临床统计显示，甲状腺功能减退患者发生无胎心胎芽的风险比正常人群高。自身免疫性疾病： 像系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，患者体内存在自身抗体，这些抗体可能攻击胎盘组织，影响胎盘的血液供应，从而阻碍胚胎的发育，增加无胎心胎芽的发生几率。
环境及其他因素
不良生活习惯： 长期吸烟的女性，香烟中的尼古丁等有害物质会影响胎盘血管的收缩和舒张，导致胎盘血流减少，影响胚胎营养供应。有研究表明，每天吸烟超过10支的孕妇，发生无胎心胎芽的风险比不吸烟的孕妇高约1.5倍。过度饮酒也会对胚胎造成损害，酒精会通过胎盘影响胚胎细胞的分裂和分化，增加胚胎发育异常的风险。外界不良环境： 长期接触放射性物质，如在放射科工作且防护不当的女性，放射性物质会损伤胚胎的染色体，导致胚胎发育停止，出现无胎心胎芽。此外，长期处于高噪音环境中，也可能对胚胎发育产生不利影响，干扰胚胎的正常生长过程。