睡觉后头疼的原因有多种。一般来说，睡眠姿势不当可能是一个常见原因，比如长时间趴着睡，会影响头部血液循环，大约有15% - 20%的人会因这种情况睡醒后头疼。
一、睡眠呼吸暂停综合征
睡眠呼吸暂停： 患有睡眠呼吸暂停综合征的人，睡眠中会出现呼吸反复暂停的情况，导致大脑短暂缺氧，大约30% - 50%的睡眠呼吸暂停患者睡醒后会头疼。夜间血氧变化： 由于呼吸暂停，夜间血氧饱和度会下降，醒来后大脑血氧恢复过程中可能引发头疼。
二、颈椎病因素
颈椎病变影响： 如果本身有颈椎病，睡眠时枕头高度不合适或睡姿不良，会加重颈椎对颈部血管、神经的压迫，约20% - 30%的颈椎病患者会在睡醒后头疼。颈部肌肉紧张： 不合适的睡眠姿势还会使颈部肌肉持续紧张，睡醒后肌肉紧张未缓解，也可能牵扯头部导致头疼。
三、血压波动导致
血压昼夜变化： 正常人血压有昼夜节律，部分人睡醒时血压会有波动，约10% - 15%的人会因血压波动在睡醒后头疼。高血压患者情况： 高血压患者如果夜间血压控制不佳，睡醒后血压升高，更容易引发头疼。