快速病理检查的准确性较高，通常在24 - 48小时内就能出结果，其总体准确性能达到95%左右，但具体准确性还受多种因素影响。
样本因素对准确性的影响
样本取材： 如果病理样本取材不当，比如没有取到病变的典型部位，就可能影响准确性。例如在肺部结节的快速病理检查中，若取材位置偏离结节核心病变区域，就可能导致误诊或漏诊。样本质量： 样本如果发生自溶、污染等情况，也会干扰快速病理检查的准确性。比如样本被细菌污染后，细胞形态会被破坏，影响病理医生的判断。
病理医生因素对准确性的影响
医生经验： 经验丰富的病理医生对快速病理的准确性影响较大。有多年经验的医生能够更准确地识别细胞的形态学改变。例如，对于一些不典型的肿瘤细胞，经验丰富的医生能凭借丰富的阅历准确判断。医生操作： 病理医生在制片、染色等操作过程中如果不规范，也会影响准确性。比如制片时细胞铺展不均匀，或者染色过程中染色时间控制不当，都会导致细胞形态显示不清，进而影响诊断。
疾病本身因素对准确性的影响
疾病的复杂性： 一些疾病本身具有复杂性，比如某些交界性肿瘤，细胞形态介于良性和恶性之间，快速病理检查时就较难准确判断。例如卵巢的交界性浆液性肿瘤，细胞的异型性等特征在快速病理下判断可能存在一定难度。疾病的早期阶段： 疾病处于早期阶段时，病变细胞的改变可能不明显，快速病理检查时就容易出现误差。比如早期的微小肿瘤病灶，细胞形态与正常细胞差异较小，增加了准确诊断的难度。