抗结核药面临耐药性逐渐增加的问题，这使得治疗难度加大。同时，药物可能存在不良反应，影响患者用药体验和依从性。此外，部分患者可能存在药物相互作用的风险，需要谨慎用药。还有，抗结核治疗疗程较长，患者坚持规律用药较难，影响治疗效果。另外，对于特殊人群如孕妇、儿童等，抗结核药的使用需格外谨慎，安全性和有效性需要严格评估。
耐药性问题
结核分枝杆菌耐药情况日益严峻，耐药菌株的出现让传统抗结核方案疗效大打折扣，这与不合理用药、治疗不规范等因素相关，会延长治疗周期、增加治疗成本。
不良反应问题
抗结核药物可能引发多种不良反应，如肝损伤，表现为转氨酶升高等；还可能导致胃肠道反应，像恶心、呕吐等，这些不良反应可能使患者难以耐受，进而中断治疗。
药物相互作用问题
抗结核药与其他药物合用时，可能发生相互作用，影响药效或增加不良反应发生几率，比如与某些肝酶诱导或抑制药物同用，会改变抗结核药的血药浓度。
用药依从性问题
抗结核治疗通常需要6 - 9个月甚至更长疗程，长期服药让患者容易产生疲惫感，进而降低用药依从性，导致治疗不彻底，引发病情反复或加重。
特殊人群用药问题
孕妇使用抗结核药需权衡利弊，因为部分药物可能对胎儿有不良影响；儿童由于身体发育尚未成熟，抗结核药的选择和剂量调整需精准，安全性要求更高，要避免使用可能影响儿童生长发育的药物。