当新生儿喉咙有痰时，可以采取以下方法进行治疗：
1.调整体位：将新生儿侧卧或抱起侧卧，头低脚高，利用地心引力，使痰液自动流出。
2.拍背法：手掌空心，使用一定的力量，从孩子的背部，由下而上，从外向内拍击，促使孩子咳嗽，帮助痰液排出。
3.蒸汽法：将开水倒入杯子中，让孩子口鼻对着升起的水蒸气并吸放，可使痰液变稀，利于咳出，还可减轻气管与支气管黏膜的充血和水肿，减少咳嗽。但千万要小心烫伤。
4.药物治疗：在医生的指导下，给孩子使用祛痰或化痰的药物，如氨溴索、乙酰半胱氨酸等。
需要注意的是，如果新生儿喉咙有痰的症状持续时间较长或伴有其他不适症状，如呼吸急促、发热等，应及时就医，以便明确病因并采取相应的治疗措施。