扁桃体摘除后可能出现一些后遗症，不过总体发生率较低。一般来说，约5% - 10%的人可能会出现一些轻微不适，但严重后遗症较为少见。
局部感染相关后遗症
创面感染： 术后如果口腔卫生不佳，可能会引发创面感染，出现局部红肿、疼痛加剧等情况。通常需要加强口腔清洁，使用含漱液等进行预防和处理。一般在术后1 - 2周内是创面感染的高发期。粘连： 扁桃体窝可能会与周围组织发生粘连，比如与咽腭弓粘连等。粘连较轻时可能无明显症状，严重时可能影响吞咽和张口等功能。如果出现粘连相关症状，可能需要进一步的医疗干预来分离粘连。
免疫功能相关影响
短期免疫波动： 扁桃体是人体免疫器官之一，术后短期内，尤其是儿童，可能会出现免疫功能的轻度波动。有研究显示，儿童扁桃体摘除后3 - 6个月内，上呼吸道感染的发生率可能会有短暂性的升高，但多数会在1年内恢复到接近术前水平。长期影响有限： 对于成人来说，长期的免疫功能影响相对较小。因为人体还有其他免疫器官来补充免疫功能，所以成人扁桃体摘除后一般不会出现严重的免疫缺陷相关问题。
咽干等不适症状
咽干： 部分患者在扁桃体摘除后会出现咽干的情况。这是因为扁桃体摘除后，咽部的正常生理环境发生了改变，唾液分泌等受到一定影响。一般可以通过多喝水、保持室内合适的湿度等方式来缓解，多数人在术后数月内咽干症状会逐渐减轻。异物感： 少数患者可能会感觉咽部有异物感，这可能与术后局部组织的修复过程有关。异物感一般会随着时间推移逐渐消失，但若长期存在且影响生活，需要及时就医检查是否有其他异常情况。