耳根痛可能由多种原因引起，比如耳部本身的病变、邻近器官的疾病等。
一、耳部病变导致耳根痛
耳部的炎症是常见原因，像中耳炎，细菌或病毒感染引发中耳炎症，炎症刺激可能传导至耳根部位引起疼痛；外耳道炎，外耳道皮肤及皮下组织发生炎症，也会导致耳根牵涉痛。
二、口腔颌面部疾病引发耳根痛
智齿冠周炎是其中一种情况，智齿萌出不全或阻生时，周围软组织发生炎症，可放射至耳根部位引起疼痛；颞下颌关节紊乱综合征，该综合征会导致颞下颌关节及周围肌肉出现功能紊乱等问题，也可能引发耳根痛。
三、神经因素导致耳根痛
三叉神经痛可表现为面部、耳部等部位的剧烈疼痛，疼痛可能牵涉到耳根；舌咽神经痛也有可能放射至耳根部位引起疼痛。
四、其他因素引起耳根痛
颈部的一些病变，如颈椎病，当颈椎病变刺激周围神经时，可能会引起耳根部位的牵涉痛；还有可能是头部受到外伤等情况，也会导致耳根出现疼痛不适。