腱鞘囊肿的治疗方法需根据具体情况选择，一般来说，较小的囊肿有一定自行消退的可能，而较大或症状明显的则需要积极干预。对于无症状的腱鞘囊肿，可先观察，部分可能在数月内自行消失。
非手术治疗方法
按压法： 医生可通过按压，使囊肿破裂，让其内容物被周围组织吸收。但这种方法有一定复发几率，而且对于一些位置较特殊的囊肿可能不太适用。穿刺抽吸法： 用注射器将囊肿内的液体抽出，然后注入糖皮质激素等药物，再加压包扎。不过单纯抽吸后复发率也较高，通常在30% - 50%左右。一般适合不想进行手术，或者身体条件不允许手术的患者。
手术治疗方法
传统切开手术： 切开皮肤，直接切除腱鞘囊肿。这种方法的优点是切除比较彻底，复发率相对较低，大约在10%左右。但手术会留下伤口，恢复时间相对较长，一般需要2 - 4周才能基本恢复正常活动。适用于囊肿较大、反复发作或者影响功能的情况。关节镜下手术： 是一种微创手术，通过关节镜进行囊肿切除。具有创伤小、恢复快的优点，术后伤口较小，一般1周左右伤口就能基本愈合，恢复正常活动的时间也比传统切开手术短。但费用相对较高，而且对医生的操作技术要求比较高。适用于适合微创治疗的患者。
康复锻炼辅助治疗
术后康复锻炼： 如果是接受了手术治疗，术后早期就要开始进行适当的康复锻炼，比如手指或手腕的屈伸活动等，有助于恢复关节的功能，一般在术后1 - 2天就可以开始简单的活动，逐步增加活动量和强度，促进恢复。日常康复锻炼： 对于没有进行手术的患者，也可以通过日常的康复锻炼来预防腱鞘囊肿的复发或者缓解症状。例如经常做手腕的旋转运动、屈伸运动等，每次锻炼10 - 15分钟，每天可进行2 - 3次，长期坚持有助于保持关节的灵活性，减少腱鞘囊肿发生的风险。