短期避孕药可能存在一些潜在危害，比如约有3% - 5%的女性在刚开始服用短期避孕药时可能会出现恶心、呕吐等类早孕反应，一般持续1 - 3个月会逐渐减轻或消失。
对月经的影响
经期改变：部分女性服用短期避孕药后可能出现月经周期缩短，比如原本28天的周期可能变为25天左右；也有少数人会出现月经推迟情况，但一般推迟不超过1周。经量变化：有些女性服用后月经量会减少，甚至出现闭经现象，但这种情况相对较少见，一般停药后多数能恢复正常月经。
对身体其他方面的影响
体重变化：少数女性服用短期避孕药后可能会出现体重增加，这可能与药物中含有的雌激素导致水钠潴留有关，但一般增重幅度不大，通常在5斤以内；不过也有部分人服用后体重无明显变化。血压影响：个别女性服用短期避孕药后血压可能会轻度升高，对于本身有高血压家族史或血压偏高的女性来说，需要密切监测血压情况。
对健康的长期潜在风险
血栓风险：虽然短期避孕药导致血栓的风险相对较低，但仍有一定概率。比如长期服用的女性发生静脉血栓的风险比未服用者高2 - 3倍，不过这种情况总体发生率较低，约为千分之几；而且一般在年龄较大（35岁以上）、吸烟、肥胖等情况下，血栓风险会有所增加。对代谢的影响：有研究发现，长期服用某些类型的短期避孕药可能会对脂代谢有一定影响，可能会使低密度脂蛋白轻度升高，不过这也因药物成分不同而有所差异。