性早熟会对儿童的身心健康产生多方面危害。首先影响最终身高，由于性早熟儿童骨骼生长加速，骨骺提前闭合，导致成年后身高较正常儿童偏矮。其次对心理造成不良影响，孩子可能因自身与同龄人不同的生理特征产生自卑、焦虑等心理问题。再者可能引发社会适应问题，比如因外观与心理年龄不匹配在社交中出现困扰。另外，部分性早熟可能是某些疾病的表现，如颅内肿瘤等，若不及时发现可能延误原发病治疗。
影响最终身高
性早熟儿童体内性激素水平提前升高，会促使骨骼快速生长，骨骺过早融合，使得生长周期缩短，最终身高往往低于遗传预测身高。例如，正常儿童12 - 13岁进入青春期，身高持续增长，而性早熟儿童可能9 - 10岁就出现身高猛长，但很快骨骺闭合，成年身高受限。
造成心理负担
孩子在生长发育过程中，因性征提前出现，与同伴外观不同，容易产生自卑心理，觉得自己“特殊”，在学校等社交场合可能会害怕被嘲笑，长期处于焦虑、抑郁等不良情绪中，影响心理健康发展，对其正常的学习、社交活动产生负面影响。
提示潜在疾病
有些性早熟是由颅内肿瘤、肾上腺疾病等引起的。如果是疾病导致的性早熟，若未能及时发现并治疗原发病，可能会延误病情，比如颅内肿瘤不断生长可能会压迫脑组织，影响神经系统功能等，对孩子的健康造成更严重的损害。
引发社会适应问题
性早熟儿童的生理发育与心理发育不同步，心理年龄可能落后于生理年龄，在与同龄人交往时，会因为外观与心理状态不匹配而出现社交障碍，难以融入正常的同伴群体活动，影响社会适应能力的发展，对其未来的人际关系和社会生活产生不利影响。