无痛胃镜有一定风险，但总体发生率较低。一般来说，正规操作下风险可控。
麻醉相关风险
药物过敏风险： 无痛胃镜需要使用麻醉药物，少部分人可能对麻醉药物过敏，不过发生概率较低，大约在万分之一到千分之一左右。但医生会在检查前详细询问过敏史来尽量规避。呼吸抑制风险： 麻醉药物可能会引起呼吸抑制，不过在操作过程中有专业医护人员密切监测生命体征，会及时采取措施来避免严重情况发生，比如发现呼吸变浅会立即进行干预。
检查操作相关风险
消化道损伤风险： 在插入胃镜过程中，极少数人可能会出现消化道黏膜轻微擦伤等损伤情况，不过这种情况非常少见，发生率极低，而且一般都能自行恢复。心血管系统影响风险： 对于本身有心血管疾病的患者，做无痛胃镜时可能会对心血管系统有一定影响，比如可能引起血压波动等，但只要提前告知医生病情，医生会做好相应准备来应对，将风险降到最低。
术后恢复相关风险
咽喉不适风险： 检查后可能会出现咽喉部不适，比如疼痛、异物感等，一般1 - 2天就会缓解，这是比较常见的轻微术后反应。迟发性过敏等罕见风险： 虽然很少见，但也有极少数人可能会出现迟发性过敏等情况，不过一旦出现医生也能及时进行处理。总体而言，无痛胃镜虽然存在一定风险，但在规范操作和严格把控适应证、禁忌证的情况下，风险是可控的，它能让患者在无痛苦的状态下顺利完成检查，帮助医生更准确地诊断疾病。