如果怀孕6周时通过超声检查发现有孕囊，但没有胎心胎芽，可能是以下原因。
1.受孕时间晚：如果平时月经周期不规律，或者排卵延迟，受精时间晚，孕囊内胎芽和胎心出现的时间也会相应延迟。
2.胚胎发育不良：这是最常见的原因之一。如果孕囊的形状不规则、张力欠佳，或者卵黄囊直径过大，都提示胚胎发育可能存在问题。
3.其他因素：孕妇年龄较大、患有全身性疾病（如高血压、糖尿病、甲状腺功能异常等）、接触过有害物质或放射线，以及男方精液质量差等，也可能影响胚胎的发育。
需要注意的是，在孕6周时没有看到胎心胎芽并不一定意味着孕囊发育异常。医生通常会建议在1-2周后进行复查，以确定孕囊的发育情况。如果孕囊持续长大，但仍无胎心胎芽，或者出现阴道流血、腹痛等异常情况，可能需要进行清宫手术。
此外，在等待复查的过程中，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活。同时，保持良好的心态也非常重要，因为焦虑和紧张情绪可能对胚胎发育产生不利影响。如果对孕囊的情况有任何疑问或担忧，应及时与医生沟通，以便获得更专业的建议和指导。