三个月宝宝打喷嚏、流鼻涕，可能是普通感冒、过敏性鼻炎、鼻腔异物等原因引起。以下是一些处理建议：
1.保持适宜的环境温度和湿度：室内温度以25℃~28℃为宜，相对湿度保持在60%左右。
2.清理鼻腔分泌物：使用生理性海盐水滴鼻或喷鼻，软化并清除鼻腔分泌物，缓解鼻塞。然后，使用吸鼻器吸出分泌物。注意动作要轻柔，避免损伤鼻粘膜。
3.注意鼻部护理：喂奶或护理时要避免宝宝接触冷空气，喂奶后不要立即更换尿布，以免腹部受凉。
4.适当补充水分：如果宝宝有咳嗽、发热等症状，要适当增加水分摄入，以补充因发热导致的水分流失。
5.保持宝宝鼻部清洁：用湿毛巾轻擦宝宝的鼻部，避免用力擤鼻。
6.观察宝宝症状：如果宝宝打喷嚏、流鼻涕的症状持续不缓解或加重，出现咳嗽、发热、呼吸急促等症状，应及时就医。医生可能会根据具体情况进行诊断，并给予相应的治疗，如使用药物治疗等。
需要注意的是，三个月以下的宝宝出现打喷嚏、流鼻涕的症状，建议及时就医，以便明确诊断并采取适当的治疗措施。同时，在就医过程中，要如实告知医生宝宝的症状、喂养情况等，以便医生进行准确的诊断和治疗。