HPV疫苗常见的副作用一般比较轻微，多数在接种后1-2天内出现。比如接种部位可能出现疼痛、红肿，大约有10%-20%的人会有这种情况；还有些人可能会出现头痛、乏力、肌肉酸痛等全身症状，大概占5%-10%左右。
接种部位的副作用
局部疼痛：接种HPV疫苗后，约10%-20%的人会在接种部位感到轻微到中度的疼痛，一般1-2天可自行缓解。局部红肿：接种处可能出现红肿现象，红肿范围通常比较小，直径一般不超过5厘米，多数也会在1-2天内消退。
全身方面的副作用
头痛：约有5%-10%的人接种后会出现头痛症状，一般程度较轻，通过休息大多能缓解。乏力：部分人接种后会感觉身体疲倦、乏力，这种情况一般持续1-2天就会恢复。肌肉酸痛：少数人可能出现肌肉酸痛，尤其以接种侧的上肢肌肉较为常见，通常不需要特殊处理，可自行恢复。
特殊人群的副作用情况
青少年：青少年接种HPV疫苗后的副作用与其他人群类似，但相对来说，青少年出现全身症状的比例可能和成年人相近，接种部位的反应也无明显差异。孕妇：孕妇不建议接种HPV疫苗，因为目前缺乏孕妇接种HPV疫苗的充分数据，接种后可能出现的副作用对孕妇和胎儿的影响尚不明确，所以孕妇应避免接种。过敏体质者：过敏体质者接种HPV疫苗后，出现过敏反应的风险相对较高，可能出现皮疹、呼吸困难等严重过敏症状，这类人群接种前需告知医生自己的过敏史。