化脓性扁桃体炎多由细菌感染引起，尤其是A组乙型溶血性链球菌。一般首选青霉素类抗生素，比如青霉素G，不过约10%的人对青霉素过敏，这时候可以选用头孢菌素类，像头孢唑林等。
首选抗生素类型
青霉素类： 青霉素G是治疗化脓性扁桃体炎的常用药物之一，它通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用。不过要注意，使用前必须做青霉素皮试，若皮试阳性则不能使用。头孢菌素类： 对于青霉素过敏的患者，可选用头孢菌素类抗生素。例如头孢克洛，它对多种细菌有较好的抗菌活性，能有效杀灭引起化脓性扁桃体炎的致病菌。
其他可选抗生素
大环内酯类： 像红霉素也可用于化脓性扁桃体炎的治疗。红霉素通过抑制细菌蛋白质的合成来发挥作用，但部分患者使用后可能会出现胃肠道不适等不良反应。阿奇霉素也是大环内酯类的一种，它的半衰期较长，用药相对更方便，不过也可能引起胃肠道反应等。喹诺酮类： 一般不作为首选，比如左氧氟沙星，由于可能会影响骨骼发育，所以18岁以下的未成年人通常不建议使用。
特殊人群用药注意
儿童患者： 儿童使用抗生素需谨慎，比如青霉素类药物，儿童用药时要根据体重等调整剂量，而且要密切观察是否有过敏等不良反应。对于头孢菌素类，也要注意儿童的个体差异和可能出现的副作用。孕妇患者： 孕妇患化脓性扁桃体炎用药需格外小心，青霉素类药物相对较为安全，在医生评估后可以使用；而喹诺酮类等药物则应避免使用，以免对胎儿造成不良影响。老年患者： 老年患者肝肾功能可能有所减退，使用抗生素时要注意药物的代谢和排泄情况，选择合适的药物并调整剂量，同时要关注是否有药物相互作用等问题。