脑毛细血管堵塞会导致患者出现局灶性神经功能缺损的症状，要针对同的发病时期、病因，选择不同的药物进行治疗：
1、患者如果就诊的时间6小时以内，考虑通过静脉溶栓的方式，使患者缺血区的供血得到改善，使血管内的血流恢复再通，是目前治疗腔梗、脑梗最佳的手段，6小时以内可以使用尿激酶，4.5小时以内可以使用rtPA。
2、如果是在急性期的时候，可以给予患者使用抗凝、降纤、血小板聚集等药物，改善患者的脑血流，营养脑细胞等综合的治疗，尽量挽救脑组织，保存脑神经的功能。要给予患者使用阿托伐他汀钙片，降脂、稳斑、保护血管内皮的治疗。