加味逍遥丸与逍遥丸主要区别在于药物组成。逍遥丸一般由柴胡、当归、白芍、白术（炒）、茯苓、薄荷、生姜、甘草（蜜炙）组成；加味逍遥丸是在逍遥丸基础上加了牡丹皮和栀子，所以加味逍遥丸比逍遥丸多了清热凉血等作用。
药物组成差异
逍遥丸基础方主要侧重疏肝健脾养血，加味逍遥丸因添加牡丹皮、栀子，在疏肝健脾养血基础上增加了清热功效。
功效侧重不同
逍遥丸主要用于肝郁脾虚血虚所致的郁闷不舒、胸胁胀痛、头晕目眩、食欲减退、月经不调等；加味逍遥丸除了可用于肝郁脾虚血虚证，还适用于肝郁化火，症见烦躁易怒、颊赤口干、食欲不振等有热象的情况。
适用人群有别
逍遥丸更适合肝郁脾虚血虚但热象不明显者；加味逍遥丸则适用于肝郁同时有化火表现的人群，比如女性月经提前、量多色红，伴有心烦易怒等情况时可能更适合加味逍遥丸。
药理作用差异
由于药物组成不同，加味逍遥丸在清热方面的药理作用更突出，而逍遥丸主要体现疏肝健脾养血的药理效应，在调节机体气血、脏腑功能上因药物组成差异有不同侧重。