儿童发烧反复通常是因为致病因素未被彻底消除。比如感染性因素，像病毒或细菌感染后，体内炎症反应持续存在，就会导致体温反复波动。
感染源未清除彻底
当儿童受到细菌感染，如肺炎链球菌引起肺炎时，若使用抗菌药物疗程不足，体内细菌未被完全杀灭，炎症就会反复刺激机体，引发发烧反复。对于病毒感染，例如流感病毒，机体清除病毒需要一定时间，若病毒未完全清除，发烧便会反复。
体温调节中枢功能尚未稳定
儿童尤其是婴幼儿的体温调节中枢发育不完善，对体温的调节能力较弱。当有外界因素刺激时，如环境温度变化、再次感染等，容易出现体温反复波动。比如在寒冷环境中，儿童体温调节中枢不能很好地适应，可能导致发烧反复。
自身免疫力因素
儿童自身免疫力相对较低，在感染疾病后，身体需要时间来提升免疫力对抗病原体。如果免疫力恢复较慢，就可能出现发烧反复的情况。例如一些体质较弱的儿童，患感冒后发烧反复的时间可能比体质好的儿童更长。
其他潜在疾病影响
某些潜在疾病也会导致儿童发烧反复，如川崎病，除了发烧反复外，还伴有结膜充血、口唇皲裂等表现；还有风湿热，也会出现长期反复发烧的情况，同时可能有关节炎等症状。