深蹲时膝盖疼可能是由多种原因引起的，具体如下：
1.膝盖受伤：深蹲时膝盖承受的压力较大，如果膝盖曾经受过伤，如半月板撕裂、韧带损伤等，深蹲时可能会引起疼痛。
2.关节炎症：如骨关节炎、类风湿性关节炎等，炎症会导致关节肿胀、疼痛，深蹲时会加重疼痛。
3.肌肉不平衡：大腿前后侧肌肉力量不平衡，或臀部肌肉无力，可能会导致膝盖受力不均，引起疼痛。
4.运动过度：深蹲次数过多、强度过大，或长时间连续深蹲，可能会导致膝盖疲劳、损伤，引起疼痛。
5.其他原因：不正确的深蹲姿势、扁平足、膝盖内翻或外翻等也可能导致深蹲时膝盖疼痛。
如果深蹲时膝盖疼痛，建议采取以下措施：
1.休息：停止深蹲运动，给膝盖足够的休息时间。
2.冰敷：用冰袋或冷毛巾敷在膝盖上，每次15-20分钟，每天数次，可缓解疼痛和肿胀。
3.药物治疗：可以口服非甾体类抗炎药，如布洛芬、阿司匹林等，缓解疼痛。
4.物理治疗：可以进行热敷、按摩、针灸等物理治疗，帮助缓解疼痛和改善关节功能。
5.加强肌肉训练：通过锻炼大腿前后侧肌肉和臀部肌肉，增强膝盖周围肌肉的力量，改善肌肉平衡，减少膝盖疼痛的发生。
6.调整深蹲姿势：保持正确的深蹲姿势，膝盖不超过脚尖，避免膝盖内扣或外翻。
7.寻求专业帮助：如果膝盖疼痛严重或持续时间较长，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，并根据医生的建议进行治疗。
需要注意的是，深蹲时膝盖疼可能是一种警告信号，提示膝盖存在问题。如果疼痛持续不缓解或加重，应及时就医，以便早期诊断和治疗。此外，对于有膝盖疾病或受过伤的人，在进行深蹲或其他运动前，最好先咨询医生或物理治疗师的建议。