肾结石形成与多种因素相关，一般来说，尿液中某些物质浓度过高是关键，比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增高就容易引发肾结石。有研究显示，高钙尿症患者患肾结石的风险比常人高出不少。
代谢因素影响
尿液成分异常：当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质含量过高时，就容易形成结晶，进而发展成肾结石。例如，高钙尿症患者尿液中钙的含量超出正常范围，就增加了肾结石形成几率；草酸摄入过多也会使尿液中草酸浓度升高，像常年大量吃菠菜的人，患草酸钙结石风险会增加。尿pH值改变：尿液酸碱度对肾结石形成有影响。尿酸结石多在酸性尿中形成，而磷酸镁铵结石则易在碱性尿中形成。比如痛风患者尿酸排泄多，尿液偏酸，容易长尿酸结石；泌尿系统感染时，细菌分解尿素产生氨，使尿液变碱，就可能形成磷酸镁铵结石。
局部因素作用
尿路梗阻：如果存在尿路狭窄、前列腺增生等情况，会导致尿液排出受阻，尿液中的晶体物质就容易在局部沉积，从而引发肾结石。比如前列腺增生患者，尿液排出不畅，尿液中的钙等成分沉积，久而久之就可能形成结石；输尿管狭窄的人，也会因为尿液流通不畅，增加肾结石发生风险。感染因素：泌尿系统感染时，细菌、脓块等会作为核心，使尿液中的晶体围绕其沉积形成结石。例如，肾盂肾炎患者，炎症部位的坏死组织等成为结石核心，尿液中的成分不断聚集，就会形成肾结石；膀胱炎患者如果治疗不及时，感染蔓延也可能引发肾结石。
生活方式影响
饮水不足：每天饮水量少于1500毫升时，尿液会浓缩，尿液中晶体物质的浓度升高，容易形成结石。研究表明，每天饮水少于1000毫升的人群，肾结石发病率比每天饮水2000毫升以上的人群高很多；长期不爱喝水的人，肾脏排泄废物的能力下降，更易长肾结石。饮食不当：高嘌呤饮食会使尿酸生成增多，增加尿酸结石风险，像经常吃动物内脏、海鲜的人，患尿酸结石可能性增大；高草酸饮食也易促使草酸钙结石形成，比如大量吃菠菜、巧克力、坚果等富含草酸的食物，就会提高肾结石发生概率。