原发性脑干损伤最大特点是意识障碍出现早且严重，伤后多数患者立即出现昏迷，且昏迷时间常超过 24 小时。
临床表现特点
意识障碍： 伤后即刻发生昏迷，且程度深，持续时间长，有的患者昏迷可持续数周、数月甚至更长时间。比如一些严重的原发性脑干损伤患者，昏迷可达数月之久，长时间处于无意识状态。瞳孔变化： 脑干损伤时瞳孔改变较为常见。可表现为双侧瞳孔时大时小，光反射消失，眼球位置不正或同向凝视等。例如双侧瞳孔大小不等且对光反应差，提示脑干内动眼神经核等结构受损。
生命体征紊乱特点
呼吸紊乱： 脑干是呼吸中枢所在部位，原发性脑干损伤极易出现呼吸功能紊乱。可表现为呼吸节律不规则，如潮式呼吸、抽泣样呼吸、呼吸暂停等。一般在伤后早期就可能出现明显的呼吸节律改变，这是因为脑干呼吸中枢直接受到损伤影响其正常功能。循环紊乱： 也会出现循环功能紊乱，表现为血压波动，心率失常等。比如血压可突然升高或降低，心率可增快或减慢，这是由于脑干内心血管运动中枢受损，导致对心血管活动的调节失衡。
神经反射异常特点
病理反射： 原发性脑干损伤时可出现病理反射，如双侧巴宾斯基征阳性等。这是因为脑干损伤影响了上运动神经元对脊髓的调控，使得脊髓的原始反射释放出来，表现为病理反射。去皮质强直或去大脑强直： 也是常见的神经反射异常表现。去皮质强直表现为上肢屈曲内收，下肢伸直，足部跖屈；去大脑强直则是四肢伸直，角弓反张。这是由于脑干网状结构中抑制区与易化区的平衡被打破，易化区占优势，导致肌肉紧张度异常增高出现的特殊姿势。