三个月的婴儿掉头发，可能是正常的生理现象，也可能与疾病有关。具体原因主要有以下几种：
1.生理性脱发：胎儿在子宫内时，头发会经历一个快速生长期，出生后，头发可能会出现自然脱落，这是正常的生理现象，通常会在出生后6个月内逐渐改善。
2.营养不良：如果婴儿摄入的营养不足，可能会导致头发营养不良，从而出现脱发的情况。此外，维生素D缺乏性佝偻病也可能导致婴儿脱发。
3.头皮感染：如果婴儿的头皮受到感染，如细菌感染、真菌感染等，可能会导致头皮炎症，从而引起脱发。
4.先天性疾病：某些先天性疾病，如先天性梅毒、先天性肾上腺皮质增生症等，也可能导致婴儿脱发。
如果婴儿出现大量脱发的情况，或者脱发持续时间较长，建议及时就医，以便明确原因并采取相应的治疗措施。同时，家长应注意保持婴儿的头皮清洁，避免过度摩擦头皮，同时注意婴儿的营养均衡，确保摄入足够的维生素和矿物质。