吹空调拉肚子主要是因为寒冷刺激导致肠道功能紊乱。当人体长时间处于空调环境中，尤其是室内外温差较大时，腹部容易受凉，影响胃肠道的正常蠕动和消化功能。
肠道受冷后的反应机制
肠道血管收缩： 腹部受到寒冷刺激后，肠道的血管会发生收缩，这会减少肠道的血液供应。比如，就像冬天肢体容易发冷一样，肠道血管收缩后，其消化和吸收等功能会受到影响。一般来说，这种血管收缩在受凉后几分钟内就可能出现。蠕动加快： 寒冷刺激还会使肠道蠕动加快。正常情况下肠道蠕动是有一定节律的，而当蠕动加快时，食物在肠道内停留的时间就会缩短，来不及充分消化吸收，从而导致腹泻。通常这种蠕动加快可能在受凉后半小时左右开始表现明显。
个人体质差异的影响
敏感体质人群： 一些本身肠道比较敏感的人，比如患有肠易激综合征的人群，对温度变化更加敏感。他们在吹空调时更易出现拉肚子的情况。这类人群占总体人群的比例大约在10% - 15%左右。老年人和儿童： 老年人的胃肠道功能本身在衰退，儿童的胃肠道还处于发育不完善的阶段，他们的胃肠道对温度变化的适应能力较差。老年人可能有20%左右在吹空调后容易拉肚子，儿童这个比例可能更高，可达25% - 30%。
空调环境的卫生问题
滤网细菌滋生： 空调的滤网如果长时间不清洗，会滋生大量细菌、霉菌等微生物。当开启空调时，这些微生物会随着空气流动散布在室内，被人体吸入后可能会影响肠道。据检测，长时间未清洗的空调滤网每平方厘米可能滋生数万甚至数十万的细菌。空气干燥影响： 空调在制冷过程中会使室内空气变得干燥，干燥的空气会影响肠道的正常分泌功能。肠道黏膜需要一定的湿度来维持正常的屏障功能，空气干燥时肠道黏膜的屏障功能可能会下降，容易引发肠道感染和腹泻，一般在空调开启2 - 3小时后可能就会出现这种影响的初步表现。