肛瘘不能自愈，必须手术治疗。手术治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。
肛瘘的病因主要是肛管直肠周围脓肿，主要是因为肛腺阻塞感染引起肛腺炎，肛管直肠周围脓肿是肛瘘形成的根本原因。脓肿破溃或切开引流后，常不能完全愈合，日久后腔道周围有许多瘢痕组织，形成慢性感染性管道。瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常不断地收缩与舒张，压迫瘘道，影响脓液的排除，容易贮脓感染而难以愈合。
肛瘘的治疗方法主要是手术治疗，肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。手术治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。