孕囊不规则可能是多种情况导致的。一般来说，孕囊不规则可能与胚胎发育异常有关，有研究显示，约15% - 20%的早期妊娠会出现孕囊形态稍有异常但最终正常发育的情况，但也有部分可能预示着不良妊娠结局。
胚胎发育因素导致的孕囊不规则
受精卵自身问题： 如果受精卵在形成过程中染色体出现异常，就可能导致孕囊发育不规则。比如染色体数目异常，像21 - 三体综合征相关的染色体问题，会影响孕囊正常的形态构建。胚胎发育迟缓： 当胚胎发育速度比正常情况慢时，孕囊的生长也会受到影响，从而出现不规则的形态。一般怀孕6周左右正常孕囊应该有一定的大小和规整形态，如果此时孕囊明显小于正常孕周且不规则，就可能是发育迟缓导致。
子宫环境因素引起的孕囊不规则
子宫畸形： 女性如果存在子宫畸形，如双角子宫、纵隔子宫等情况，会影响孕囊的正常着床和发育，导致孕囊形态不规则。例如纵隔子宫，宫腔内的纵隔会干扰孕囊的均匀生长，使得孕囊外形出现异常。子宫内膜问题： 子宫内膜过薄或者过厚都可能影响孕囊发育。子宫内膜厚度小于7mm时，营养供应可能不足，不利于孕囊规整发育；而子宫内膜过厚超过14mm，也可能导致孕囊着床后形态不规则，有研究表明约8%的孕囊不规则与子宫内膜过厚有关。
母体因素导致的孕囊不规则
内分泌失调： 母体的内分泌激素水平异常会影响孕囊发育。比如孕激素水平不足，孕激素对维持孕囊正常发育很重要，当体内孕激素浓度低于正常妊娠水平时，孕囊可能出现不规则。一般正常妊娠早期孕激素水平应在25ng/ml以上，如果低于这个数值且孕囊不规则，就需要关注孕激素补充情况。不良生活习惯： 孕妇如果有吸烟、酗酒等不良生活习惯，也可能影响孕囊发育。烟草中的尼古丁等有害物质和酒精都会干扰胚胎的正常生长环境，增加孕囊不规则的风险。有调查发现，每天吸烟超过10支的孕妇，孕囊不规则发生率比不吸烟孕妇高约20%。