金黄色葡萄球菌感染的病因主要与人体自身状况及外界环境因素有关。金黄色葡萄球菌广泛存在于自然界，比如在空气、水、土壤以及人的皮肤、鼻腔等部位都可能有它的踪迹。当人体皮肤黏膜屏障受损时，就容易给金黄色葡萄球菌可乘之机，像皮肤出现擦伤、割伤、烧伤等情况，细菌就可能从破损处侵入引发感染。
皮肤黏膜屏障受损相关
皮肤破损方面： 日常生活中，哪怕是很微小的皮肤擦伤，比如不小心被树枝刮了一下，虽然伤口看起来不严重，但如果不及时处理，金黄色葡萄球菌就可能附着在伤口上并侵入。还有烧伤患者，大面积的皮肤烧伤后，皮肤的屏障功能遭到严重破坏，这时候金黄色葡萄球菌感染的几率会大大增加，有研究表明烧伤患者中约30% - 50%会发生金黄色葡萄球菌感染。黏膜破损方面： 比如鼻腔黏膜受损，当感冒时频繁擤鼻涕可能导致鼻腔黏膜破损，此时金黄色葡萄球菌就容易在鼻腔内定植并引发感染，进而可能扩散到周围组织。
机体免疫力低下相关
儿童群体： 儿童尤其是婴幼儿的免疫系统还未完全发育成熟，相对成年人更容易受到金黄色葡萄球菌感染。比如一些体质较弱的婴幼儿，在流感季节等情况下，自身抵抗力差，就比较容易被金黄色葡萄球菌侵袭，引发肺炎等感染性疾病。老年人群体： 老年人随着年龄增长，免疫力逐渐下降，患有基础疾病如糖尿病、慢性阻塞性肺疾病等的老年人，更容易发生金黄色葡萄球菌感染。有统计显示，65岁以上患有基础疾病的老年人中，金黄色葡萄球菌感染的发生率比健康老年人高2 - 3倍。
医院环境相关
医疗操作因素： 在医院里，一些侵入性医疗操作也可能导致金黄色葡萄球菌感染。比如留置导尿管，在留置导尿管的过程中，如果操作不规范或者护理不当，金黄色葡萄球菌有可能沿着导尿管侵入泌尿系统，引起泌尿系统感染。还有外科手术，手术切口如果受到金黄色葡萄球菌污染，术后就容易发生切口感染，据医院相关统计，外科手术后切口金黄色葡萄球菌感染率约为5% - 10%。医疗器械污染： 医院里的一些医疗器械如果被金黄色葡萄球菌污染，也会造成感染传播。例如呼吸机的管道，如果消毒不彻底，金黄色葡萄球菌可能在管道内滋生，患者使用呼吸机时就可能吸入而引发肺部感染。