肌肉软组织损伤后，可在医生的指导下使用以下药物进行治疗。
1.非甾体类抗炎药：这类药物可以缓解疼痛和炎症，如布洛芬、对乙酰氨基酚等。但需注意这类药物可能会引起胃肠道不适，如胃痛、恶心等，故有胃肠道疾病的患者需谨慎使用。
2.活血化瘀类药物：此类药物可以促进血液循环，加速损伤组织的修复，如云南白药、红花油等。使用时需注意避开皮肤破损处，以防感染。
3.肌肉松弛剂：如果疼痛较为严重，影响到肌肉的正常功能，可使用肌肉松弛剂，如氯唑沙宗等。这类药物可能会引起嗜睡、乏力等不良反应，故驾驶员、高空作业者等需谨慎使用。
4.抗生素：如果损伤后出现感染，如红肿、发热等，需使用抗生素进行治疗，如阿莫西林、头孢呋辛酯等。使用抗生素需严格按照医嘱，不可自行增减剂量。
5.其他药物：除了以上几种药物，还可根据具体情况使用一些其他药物，如脱水药、糖皮质激素等。
此外，在使用药物治疗的同时，还可配合物理治疗、康复训练等方法，以加速病情的恢复。需要注意的是，在使用任何药物之前，都应先咨询医生，了解药物的用法、用量及不良反应等，以免出现不良反应。同时，在治疗期间，应注意休息，避免过度活动，以免加重损伤。